С приходом к власти в Иране Сефевидов — новой династии, на Южном Кавказе и Дагестане происходят изменения. Шах вознамеривается колонизировать регион и с этой целью переселяет туда другие народы. По сведениям XVI-го века иранский правитель Исмаил выбивает привилегию у дербентского предводителя занять часть территорий и расселить в городе «500 семейств поколения Румиев – шиитского тюркоязычного племени.  Так начинается персидское владычество в каспийском порти, жители которого меняли суннизм на шиизм.

Между тем империя османов серьёзно переживает об удачных проделках Сефевидов на Кавказе. Тогда турецкий султан Мурад III решает унять беспокойство, начав войну против иранцев. И вот по мере приближения войск в городе разгорается огонь недовольства. Местные жители вдруг вспоминают о непосильных налогах и гнёте шахских ставленников. За несколько мгновений они поднимают мятеж, арестовывая персидского наместника и правителя порта. Сунниты ополчаются против шиитов и истребляют отряд кызылбашей — поданных сефевидского государства.

Аббас I

Суть различий суннитов и шиитов в религиозных разногласиях.». После смерти пророка основная интрига развернулась вокруг двух главных кандидатур: Абу Бакра ас-Сиддика, тестя Мухаммеда, и Али ибн Абу Талиба — кузена и зятя Мухаммеда, женатого на любимой дочери пророка Фатиме. Остальные противоречия относятся к сфере юриспруденции, толкования Корана, интерпретации Сунны

С тех пор дагестанские земли становятся театром османо-сефевидских военных действий, развернувшихся под флагом религиозных противоречий между суннитами и шиитами. Османы побеждают в противостоянии, изгоняя и уничтожая иранских переселенцев. В результате столкновений город переживает не лучшие времена: полуразрушенное состояние, разорённость, сокращение торговых связей, уменьшение населения.

По информации представителей английской Московской торговой компании, после войны торгово-ремесленные центры региона – Шемаха, Баку, Дербент обезлюдели настолько, что «ни за какую цену нельзя было купить товара, кроме шелка-сырца, да и тот можно получить только через посредство паши, последний же вскоре после прибытия наших наложил дань шелком на всю страну

В начале XVII-го века в Дербент решают вернуться Сефевиды. Тогда уцмий Рустем-хан с тремя сотнями кайтагской конницы, заручившись поддержкой городских жителей и отдельных горских владетелей вынуждают турецкий гарнизон сдаться.

Крепость Нарын-Кала

Заняв цитадель Дербента, следующий шах в династии – Аббас I разворачивает в городе работы по улучшению обороны и восстановлению разрушенного. Для этого из Ирана переселяются лучшие мастера своего дела, внося пестроту в архитектурный ландшафт крепости.

Аббас I становится преемником шаха Исмаила, который переплёвывает в колонизации региона. Немецкий путешественник Адам Олеарий становится свидетелем интересной картины этнического состава Дербента, когда народы заселяющие земли живут в отдельных частях города. Территория делится на три доли. В цитадели — в самом защищённом месте наряду с правителем и свитой находятся «500 солдат из двух племен: аюрумлу и койдурша», средняя же часть населяется персами, а нижняя, «длиною в 2000 простых шагов» и вовсе остаётся без домов, имея лишь немного садов и пашен, здесь когда-то жили греки, вследствие чего и по сию пору именуется «Шахер-Юнан» – «городом греков»

Можно предположить, что на территории Дербента, примыкающей непосредственно к побережью, где располагалась гавань, некогда была греческая фактория купцов. Возможно, происхождение этого топонима как-то связано с торговой деятельностью на Каспии венецианских и генуэзских купцов в XIV–XV вв. Вероятно, под воздействием разного характера факторов, «греческий город» перестал функционировать, но в народной памяти сохранился под персидским названием Шахер-Юнан

С угасанием династии Сефевидов оканчивается владычество персов в Дагестане. Влияние Персии на регион оказывается решительным, потому что местное население во многом начинает подражать Ирану.: в общественном строе, нравах, порядках и в какой-то степени религии.